区别：
1、普通法院是针对本辖区内群众之间所发生的民事纠纷和刑事案件，军事法院主要受理审判军人违反职责的犯罪案件。
2、普通法院有四级，基层人民法院是指县级、不设区的市级、市辖区设置的法院。除了法律规定由中央中级法院、高级法院、最高法院管辖的第一审民事案件外，其余一切民事案件或者刑事案件都由基层法院管辖。
3、军事法院包括中国人民解放军军事法院、大军区、军兵种军事法院、军级军事法院。
管辖范围：
(一)双方当事人均为军人或者军队单位的案件，但法律另有规定的除外;
(二)涉及机密级以上军事秘密的案件;
(三)军队设立选举委员会的选民资格案件;
(四)认定营区内无主财产案件。
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